实验室里塞满了玻璃瓶和旋转的离心机,空气中弥漫着乙醇挥发的刺鼻味。别再拿那种背诵式的好书了,直接看它是如何把 RNA 从细胞这团乱麻里拽出来的。我们拿的这管 Trizol,本质上是个“细胞粉碎机”,它最了得的地方在于能把死细胞和活细胞里的东西全拉出来,不管它们长啥样。 拿几片细胞过来,直接扔进液氮罐里冻住。
这一步看似好办,实际上是为了让细胞彻底失活,防止 RNA 在取过程中被酶吃掉。
这时候细胞已经“罢工”了,不再进行任何生物反应。
接着,切块要么研磨,把细胞壁层层剥开,就像把洋葱剥皮一样。
这一步最关键的是要静置 30 分钟到 1 小时,让细胞里的核孔蛋白把 RNA 给“挤”出来。
要是你跳步了,要么挤得忒狠细胞死了,出来的 RNA 活性就是零。 这时候你会拿到一个浑浊的液状物,里面混着蛋白质、脂质,就连还有那些死活细胞碎片。
这时候你就要启动“洗屁股”了,也就是去污。加等量的异丙醇,摇匀,离心,弃上清。
这一步是为了把那些不溶于乙醚的大分子脂肪跟 RNA 分离开。
要是你这时候去测纯度,那个 A260/A280 的比值要是小于 1.8,说明脂类没洗干净利落,后续测出来的 Everything 全错了,那是大忌。 洗完脂类之后,真正的难题来了,就是要把那些残留的蛋白质和细胞残留物给踢出去。
这时候加入酚 - 氯仿,摇匀,离心。
这个步骤实际上分两步走,先离心去浮蛋白,再抽提 RNA。但大量人第二遍抽提黄了,不是机器坏了,而是没加完所有的酚,要么酚的浓度不对。
这时候你会看到两相:上层是含酚的有机相,下层是无酚的水相,中间的界面层有时候是浑浊的。
这时候你只需求小心地把水相转到一个干净利落的离心管里。 这时候你会看到液面分层,中间有个分界线。
这是 Trizol 取成功的标志,也是 RNA 质量的金标准。
这时候你要是再测一次 A260/A280,理想状态是 2.0 到 2.1。低于 1.7 说明 RNA 还没洗干净利落,有蛋白没除干净利落;高于 2.2 说明脂类没除干净利落,还是混在 RNA 里。
这时候你可能会问,那取效率呢?单独测一下纯度凑合,但总 RNA 回收率呢?这就得依赖流式细胞仪了。把细胞悬液直接溶血,跑个流式,看那个荧光通道。
要是回收率只有 80%,那你的实验数据绝对推不出来。
这时候你要知道,有时候不是操作错了,就是细胞密度不够,要么有些细胞死活混杂,害得计数不准。 最终一步,就是加乙醇。加到 80% 左右,再加到 100% 的绝对乙醇。
这时候细胞会裂解,那些残留的细胞器直接崩碎。离心,弃去上清。
这时候你拿到的就是最终的纯 RNA 水溶液,颜色是清亮的,像水一样透明。
这时候你就能够启动做逆转录,看看 PCR 能不能扩增出基因了。 整个过程大约只需求 20 分钟,要是你手快,就连能在 10 分钟内做完。但要注意,乙醇的浓度务必严格管住。加得忒少,RNA 会沉淀在管底;加得忒狠,细胞膜会崩裂。
另外,两种酚的混合顺序挺关键,先加酚,再加氯仿,摇匀再离心,这个顺序不能乱。
要是你把氯仿加到酚里,要么颠倒过来,相界面就会变得不清楚,这时候你再去抽提 RNA,成功率就大打折扣。 有时候你会遇到 RNA 降解的情况。
这时候你会看到 RNA 条带在电泳上断得更了得,要么 A260/A280 比值升高。别慌,这可能是核酸酶污染了,要么取过程工夫忒短。
这时候你能够通过加 RNase 抑制剂,要么延长透析工夫来解决。
记住,取 RNA 不是为了把它拿出来当成废纸扔进下水道,而是为了用它来证明你的假设。
要是你连个条带都跑不出来,你的论文就写不出来了。
故此,做好每一个步骤,特别是那个关键的酚氯仿分离,比啥都关键。